战争发展到十二月，对后金已经越来越不利了。后金军队深入明朝腹地已经几个月，军队连续作战，已经逐渐疲惫，急需休整。明朝方面也在不断调兵遣将，大将的勤王之师在向北京聚集。在后金突破长城后，崇祯就重启孙承宗为兵部尚书，初驻蓟州，后驻山海关。满桂战死后，崇祯任马世龙为武经略，总理援军。祖大寿带领的关宁军很快进入了关内，各路勤王之师也到达了畿东一带，明朝逐渐形成了对后金军的包围态势。而后金攻占的石门驿、马兰峪、三屯营、大安口、罗文峪、汉儿庄、郭家峪、洪山口、潘家口、抚宁、滦阳营等十一城纷纷叛金归明，密云和蓟州的明军准备围攻遵化城。
皇太极见状，决定返回东北。但皇太极并不想直接撤走，而是选择了且战且退。十二月二十六日，皇太极下令大军向东撤退，对通州一带进行了劫掠。二十七日，皇太极兵分两路，一路围攻永平，一路进攻蓟州。往攻蓟州的一支在途中遭遇明朝山海关赶来的5000援军，双方展开了激烈的战斗。此战，明军也是全军覆没，后金军也遭到了重创。
展开剩余85%1630年正月，明朝军队对遵化城展开了进攻，后金将领杜度求援，皇太极立即带领大军到达遵化城，和明军展开激战。此战，明军惨败，兵部尚书刘之纶战死。刘之纶，字元诚，四川宜宾人，从小好学，喜爱军事，1628年中进士，有“刘圣人”之称。后金入关后，被提拔为兵部右四郎。满桂战死后，自荐统领大军，遭到拒绝。后来，他自行招募了万人军队，编为八营，然后向遵化挺进。其部队到达通州时，大雪纷飞，天寒地冻，但通州的将领拒绝他们的进城休整的请求，他们只能在古庙中休息，但也遭到了官员攻击。二十一日，刘之纶为了收复国土而对遵化城发动进攻，最终遭到了后金军的沉重打击，八营士兵只一营保留下来。刘之纶战死后，一军皆哭，令人动容。
正月初二，皇太极又对永平城发动了猛烈进攻。此战，后金军的24勇士冒死登城，为拿下永平立下了第一头功，皇太极评价道“我国第一等骁勇人也!”并下令“后遇攻城，勿令再登。”也就是保护着二十人勇士的生命。皇太极还给诸将讲了吴起为士卒吮痈的故事，想以此来教导诸王爱惜士兵。围攻永平城的时候，后金军还捉拿了叛将刘兴祚，其人被碎尸荒野。
刘兴祚（？—1630年），辽东开原人，别名刘爱塔、刘海。努尔哈赤建立后金后，刘兴祚投入其帐下，累升副将，镇守辽南的金、复、盖等州，是后金最重要的汉将之一。不过他对努尔哈赤在辽东的政策感到失望，因而密谋联络明朝，被发现后降职闲置。皇太极发动东征朝鲜的战争，刘兴祚从征，并暗中向明朝传递情报，并建议朝鲜坚守不降。1628年，他以诈死的方式逃到岛。毛文龙被杀后，袁崇焕让他参与东江镇的管理。己巳之变时，他原本在锦州驻防。后来孙承宗要求其一起防守收复的永平。1630年战死。
此后，皇太极留下1万人镇守永平城，自己统领主力部队出关返回了沈阳。皇太极撤走后，后金的军队主要据守永平、遵化、滦州、迁安四城，其中以永平为核心。永平的军队还四处攻城掠地，继续对京畿一带造成了巨大的威胁。
二、四城收复和阿敏之狱
皇太极的大军回到后金时，留守沈阳的阿敏到辽河边上迎接。这时候，皇太做了一个决定，让阿敏、越讬等带领5000军队去守卫刚刚贡献的遵化、永平、迁安、滦州四城。
这四座孤城，就如四颗铁钉钉在明朝的心脏地带，明朝无论如何也要将其攻陷的，皇太极作为一位杰出的军事家，不可能不明白这个道理。但是皇太极却非要坚守四城，这是为何。从国家战略上来说，皇太极试图通过坚守四城来换取更多的谈判筹码，以此来逼迫明朝让步，承认自己在东北的统治。皇太极也试图通过四城来试探明朝的军事动员能力，皇太极还想以四城为据点来招揽明朝官员，吸收汉民，组建汉军。或者通过四城来牵制关内的明朝军主力，为自己夺取辽西走廊创造条件。除此还有一个重要的目的，就是想找理由除掉阿敏。
阿敏，是舒尔哈齐的次子，从小跟随努尔哈赤东征西讨，参与了灭乌拉部之战，萨尔浒之战、沈辽之战、广宁之战等，立下了赫赫战功。1622年，成为了全国四王之一，拥有执政地位。他毕竟不是努尔哈赤的儿子，而且心怀异志。皇太极即位后，他受命东征朝鲜，却试图在据朝鲜自立。而皇太极即位后也想加强自己的大权，而打击阿敏成为了关键一部。皇太极让阿敏去守四城，明显是将一口“锅”扔给了阿敏。
阿敏到达永平后，发现这里的守军根本不够，说：“如此安能克敌？” 他上任后，就实行了高压恐怖政策，下令官民必须剃发，不得窝藏奸细，否则杀全家。
1630年五月，孙承宗派遣大军进攻滦州，阿敏派人支援，但兵力实在有限。最终，滦州的后金军弃城，准备到永平汇合。可途中遭遇明军拦截，后金军死亡400多人。为了避免类似的悲剧发生，阿敏下令遵化城的士2兵赶紧到永平汇合。到五月十三，阿敏准备将四城完全放弃，于是下令杀投降的所有将领和百姓，其家属沦为了奴婢，《清实录》记载“未见敌形，未发一矢，将永平、迁安归顺之民，尽杀之。天所与之四城，尽弃之”。不久，阿敏就带领后金军队返回了沈阳。
阿敏的做法让皇太极非常不满。因为在皇太极出征明朝之前就发布了军令，禁止军队劫掠已经投降的百姓、禁止军队杀降人、禁止军队夺他人妻儿。而阿敏在永平等城的屠杀行为明显是违背了军令。而且阿敏主动放弃四城没有得到皇太极的认可。
当阿敏到达沈阳后，皇太极只允许士兵入城，阿敏则只能在城外扎营。1631年，皇太极和其他贝勒一起审理阿敏，宣布了十六条大罪。诸位贝勒提出要处死阿敏，皇太极又后退一步，下令将其幽禁，夺所属人口、奴仆、财物、牲畜给济尔哈朗。到1640年，阿敏在在幽禁处死去。
我们可以将崇祯杀袁崇焕和皇太极幽禁阿敏之事作为对比。崇祯杀袁崇焕，是因为疑心太重，失误而杀。而皇太极幽禁阿敏，是一场又预谋的活动。崇祯杀袁崇焕，最终导致无人可用，军心动摇，明朝进入最黑暗的时候，而皇太极幽禁阿敏则趁机掌控了大权，为废除“四贝勒”共同执政扫除了障碍。两者的效果，竟然完全相反。
三、“己巳之变”的影响“己巳之变”虽然结束了，但是对明朝却造成了不可估量的损失。
首先，明朝损兵折将，国力进一步削弱。明朝一战而损失赵率教、满桂、孙祖寿、麻登云、黑云龙、朱国彦六位总兵，而兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔、蓟辽督师袁崇焕、遵化巡抚王元雅、总理蓟辽保军务刘策等或死或下狱。这直接动摇了明朝的国本。尤其是袁崇焕被下狱冤杀，成为了自坏长城的千古奇冤。而明朝军队战死的人数直接超过了10万，仅仅在永定门一战，明朝就损失了4万军队。袁崇焕被杀后，关宁军军心动摇，已无效忠的意志。在大凌河之战后，祖大寿投降于后金。
其次，崇祯新政结束，阉党死灰复燃。后金军撤走后，崇祯帝并没有吸取教训，而是制造冤狱，阉党趁机翻逆案，导致内阁大学士韩爱、钱龙锡、成基命、李标等纷纷去职，阉党的周延儒、温体仁取而代之。这标志着积极进取的“崇祯新政”结束，明朝进入了一个皇帝昏庸、奸臣当道、小人得志的烂政时期。
周延儒，字玉绳，号挹斋，南直隶常州府宜兴县人。1629年以礼部尚书兼东阁大学士，进入内阁。翌年九月升任内阁首辅，他曾推翻温体仁主政时的弊政，笼络人心，但同时也倚靠吴昌时、董廷献等亲信，结交内侍，收受贿赂，加剧了朝政的腐败。1642年，清军第六次入塞大掠，周延儒自请督师堵截撤退的清军，但他不仅没有认真堵截，还不断谎报军情，事情败露后被勒令致仕回乡。不久，雷縯祚、郝䌹、蒋拱宸等揭发其招权纳贿、结交内侍，触怒崇祯帝，周延儒被再召至京师，1644年赐死。
温体仁（1574年1月1日—1638年），字长卿，号员峤，浙江湖州府乌程县人。崇祯三年（1630年）六月以礼部尚书兼东阁大学士，跻身内阁，成为次辅。辅政期间，他几乎没有任何重要的建树与对策，而是一味排斥异己、迎合皇帝，尤其受到原东林党人士的憎恨。
第三，经济破坏，百业凋敝。后金军在京畿一带进行了大规模的劫掠，掠夺了大量的财富。这些掠夺，使得京畿的经济遭到了破坏，进一步加重了明朝的社会矛盾。此后，明朝内部的农民起义越演越烈，有烽火燎原之势，形势越发不可控制。
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